法律主观：
在实践中，公司或者一些用人单位，开具出来的一般一方面用来作为纳税凭证，另一方面是用来证明是否发生了该项实质业务，而专用除了具备上述功能外，还要用来抵扣进项税。
专用抵扣联丢失处理：
1、扣税凭证丢失时由直接保管人承担相应责任。
2、丢失已开具专用的联和抵扣联，且丢失前已认证相符的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，
取得相应专用记账联复印件(加盖专用章)及销售方主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》或《丢失货物运输业专用已报税证明单》(以下统称《证明单》)，并及时传递给管理人员，作为进项税额的抵扣凭证。专用记账联复印件和《证明单》留存备查，按照扣税凭证归档要求进行管理。
丢失已开具专用的联和抵扣联，如果丢失前未认证的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用记账联复印件(加盖专用章)及销售方所在地主管税务机关出具的《证明单》，并及时传递给管理人员，管理人员凭销售方提供的相应专用记账联复印件进行认证，认证相符的，可凭专用记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为进项税额的抵扣凭证。
3、公司丢失已开具专用的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用的联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用的联认证，专用的联复印件留存备查。
4、公司丢失已开具专用的联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。
综合上述，我们了解到专用在丢失抵扣联或联其中一联的，处理起来就比较简单，但如果抵扣联和联同时丢失的，处理起来相对就复杂很多。
法律客观：
《中华人民共和国管理办法实施细则》
第二十七条
开具后，如发生销货退回需开红字的，必须收回原并注明“作废”字样或取得对方有效证明。
开具后，如发生销售折让的，必须在收回原并注明“作废”字样后重新开具销售或取得对方有效证明后开具红字。《中华人民共和国管理办法实施细则》
第二十
单位和个人在开具时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致，并在联和抵扣联加盖专用章。